La raccolta dei materiali esposti proviene dagli scavi condotti, a partire dagli anni '50, dalla Missione Americana delle Università di Princeton e Virginia e dalle Soprintendenze di Siracusa, Agrigento ed Enna.
L'ordinamento, nelle sale espositive, è cronologico e tematico.
L'esposizione dei reperti è corredata da carte topografiche e pannelli esplicativi.
Sale 1, 2: introduttive con pannelli documentari e vista sul chiostro.
Sala 3: insediamento preistorico e protostorico: contrada San Francesco e la Cittadella.
Sala 4: Morgantina in età greca arcaica: la Cittadella.
Sala 5: La città ellenistico-romana: l'abitato di Serra Orlando, i santuari, le necropoli.
Sale 6, 7, 8, 9: Sezione numismatica (in allestimento).
Sala 10: Storia degli scavi (in allestimento)
Sala 11: plastico di Morgantina; quadri del XVIII e XIX sec.
Sala 12: sala dei pittori e delle vasche fittili.
Sale 13,14 (piano rialzato): La vita quotidiana a Morgantina: le attività produttive, l'ambito domestico, i culti, gli spettacoli.
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