Si trova in Piazza Zisa, a Nord del famoso palazzo normanno, dove confluiscono le vie dei Normanni e Withaker.

E' probabilmente anteriore alla costruzione della Zisa (seconda metà del XII sec.) per lo stile differente e la semplicità dei decori; più precisamente, pare che risalga al periodo bizantino e che costituisca il refettorio di un monastero, che fu trasformato in moschea dagli arabi.

Quando Guglielmo I, nel 1174 decise di costruire un caste/lo in quell'area, la moschea divenne una cappella.

Nel corso del tempo la costruzione ha subito diverse modificazioni.

Nel 1399 Guglielmo Ventimiglia governando la Zisa in qualità di Siniscalco chiamò la cappella della S.S. Trinità chiesa di S.Anna, santa protettrice della famiglia Ventimiglia. Ciò testimonia, secondo il Basile, che il Castello fu anche di proprietà dei Ventimiglia.

Nel 1803 fu costruita la adiacente chiesa di Gesù, Maria e Santo Stefano, con l'abside orientata in senso opposto, e la Cappella ne divenne la sagrestia.

Negli anni cinquanta la Chiesa fu adattata a cinema mentre la Cappella ne costituì il magazzino e in seguito fu adibita a deposito di materiali e attrezzi per Vedilìzia. Dal 1989 ad oggi, nell'ambito di un progetto che prevede il recupero di tutta la vasta area che fa capo al Palazzo della Zisa, la Cappella è stata oggetto di ripetute operazioni di restauro che le hanno restituito dignità e decoro come testimonianza storico-artistica.